游戏的历史，可以追溯到5千年以前，也就是古代埃及时期。古老的游戏，足以演示人类以及法老王的到来，也是一种可以决定命运的魔法仪式。当时的游戏被称为神秘黑暗游戏。现在，有名少年揭开了“千年积木”，并却继承了黑暗游戏。这个拥有光明与黑暗这两颗心的少年，人民都称他为“游戏王”。 害羞又內向的中学生武藤游戏，是个常被人欺负的男生，但当他解开了“千年积木”之后，就继承了黑暗力量，惩罚邪恶，成为了正义的看守人。

武藤遊戲從開玩具店的爺爺手中，得到了一個奇特的千年積木，他將千年積木完成時，體內卻出現了另一個充滿自信、擁有不可思議力量的人格……